NordenBladet — Tartu teadlased esitlesid uut TAC-seq’i nimelist geenianalüüsi meetodit, mis võimaldab senisest täpsemat ja taskukohasemat biomarkerite analüüsi. Patenteerimisel olev meetod jõuab Eesti tervishoiusüsteemis kasutusse tuleval aastal embrüo pesastumise ehk beREADY testi näol, mis suurendab kunstliku viljastamise õnnestumise tõenäosust.
Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus (Tervise-TAK) koostöös Tartu Ülikooli, Rootsi Karolinska Instituudi ja Helsingi Ülikooliga avaldasid Nature sõsarajakirjas Genomic Medicine artikli, kus autorid näitavad TAC-seq’i (Targeted Allele Counting by sequencing) meetodit koos mitme võimaliku rakendusega. Meetod mõõdab ülima täpsusega biomarkeriteks kasutatavate DNA ja RNA molekulide arvu uuritavas kliinilises proovis ning iseloomustab seeläbi patsiendi terviseseisundit.
Biomarkeriks võib olla mistahes biomolekul, mille olemasolu või puudumine on mõõdetav ning mis annab infot terviseseisundi kohta. Kliinikutes on kasutuses tuhandeid biomarkeritepõhiseid teste, millest paljud analüüsivad DNAd kui pärilikkusainet ja geenide avaldumist. Kliinilises analüüsis on oluline, et vastused oleks võimalikult täpsed ja testimine mõistliku hinnaga.
Tartu Ülikooli bioinformaatika doktorandi Hindrek Tederi sõnul võimaldab uus meetod äärmiselt täpset analüüsi, mis peegeldab patsiendi tegelikku olukorda. “Kliiniliste proovide analüüsis on tavaline, et uuritavat DNAd peab tehniliselt paljundama, sest vastasel juhul ei ole see aparaatidega mõõdetav. Kui mitu koopiat mõnest algsest molekulist tekib, pole teada ning seetõttu on ka tulemused ebatäpsed. TAC-seq’i puhul seevastu näeme ilma kadudeta ka algandmeid, millest tunneme ära ja eemaldame kõik laboris tekitatud koopiad. Tulemus on, et korrigeeritud biomarkerite väärtused peegeldavad kliinilist proovi võimalikult tõetruult”.
Artiklis kirjeldatakse meetodi kolme kasutusvaldkonda. Esiteks saab TAC-seq meetodit kasutada kindlate RNA molekulide tasemete määramiseks, eesmärgiga leida viljatusravis naise jaoks parim ajahetk embrüo siirdamiseks ning seeläbi suurendada kunstliku viljastamise õnnestumise tõenäosust. Teiseks saab selle abil uurida lapseootel naise veres leiduvat rakuvaba DNAd, et ohutul viisil tuvastada levinumad loote kromosoomhaigused. Kolmandaks saab meetodiga mõõta ja analüüsida oluliste regulaatormolekulide, mikroRNAde, taset erinevates kehavedelikes. Neid molekule võib kasutada biomarkeritena mitmete haiguste jaoks ja seda ilma ebameeldiva ja valusa biopsia võtmiseta haiguskoldest.
“Biomarkerite laborianalüüsil saab iga unikaalne molekul külge nö. isikukoodi. Andmete analüüsis leitakse seejärel sarnase isikukoodiga molekulid ehk laboris paljundamisega tekitatud koopiad üles ning liidetakse kokku. Seeläbi on võimalik minimeerida tehnilist viga, mis laboris materjali paljundamisel juhtub. Molekulaarseid isikukoodide on seni kasutatud teadusuuringutes, kuid see on nüüd standardiks saamas ka kliiniliste proovide analüüsis,” täpsustab Hindrek Teder, kes on ka ühtlasi artikli esimene autor koos TÜ molekulaar- ja rakubioloogia doktorant Mariann Koeli ja TÜ informaatika magistrandi Priit Paluojaga.
Uuringut juhtinud Tervise-TAKi juhtivteadur Kaarel Krjutškov nentis, et TAC-seq’i laboratoorne meetod oli esmalt justkui unistus, mis realiseerus alles aastaid kestnud katsetuste tulemusena. “On hulganisti teaduslikke ja kõrgtehnoloogilisi geenianalüüsi meetodeid, millega patsiente uurida, kuid nägime, et ülitäpse ja taskukohase lahenduse järele oli tungiv vajadus. Olemuselt on TAC-seq geenitehnoloogiline leiutis, mis avardab uurijate võimalusi. Tervise-TAKi Täppismeditsiini laboris kasutame hetkel juba seda meetodit embrüo pesastumise ehk beREADY testis. See test analüüsib 57 olulist emaka limaskesta biomarkerit, mis annavad vihje parima päeva kohta, millal võiks katseklaasis viljastatud embrüo naisele tagasi siirata ja rasedust oodata”.
“TAC-seq kui arendustegevus on liikunud ideaalilähedasel kursil. Esmalt viisime läbi põhjaliku baasuuringu, mille järel andsime sisse rahvusvahelise patenditaotluse. Nüüd järgnes teaduspublikatsioon, mis kirjeldab meetodi eripalgelisi rakendusi ning kõige olulisem – meetod on juba integreerimisel tervishoiusüsteemis. Kui kümme aastat tagasi tegin esimese patenditaotluse enamasti taotluse enda pärast, siis täna on see süsteemne tegevus, et väärindada nutikaid ja vajaminevaid lahendusi tervishoius,” võttis Krjutškov pika arendustöö protsessi kokku.
Allikas: Eesti Teadusinfosüsteem
Loe kõiki NordenBladet´i “Eesti uudised & info” rubriigi artikleid SIIT